Implementasi Dana Desa di Kabupaten Jayapura sebagai instrumen pencegahan konflik horizontal menunjukkan hasil yang beragam. Akar masalah konflik di daerah ini sering terkait kompetisi atas sumber daya alam dan ketidakseimbangan pembangunan antara kelompok masyarakat. Analisis kebijakan menemukan bahwa alokasi Dana Desa untuk program rekonsiliasi—seperti festival budaya bersama dan pelatihan keterampilan lintas kelompok—berhasil mengurangi tensi di beberapa wilayah, namun di daerah lain justru memicu ketidakpuasan akibat distribusi yang tidak merata. Dinamika yang perlu diperhatikan adalah peran elite lokal dalam mengarahkan penggunaan dana, yang kadang memperkuat segregasi. Opsi penyelesaian yang direkomendasikan meliputi: pertama, penguatan mekanisme audit partisipatif yang melibatkan semua kelompok; kedua, integrasi indikator perdamaian sosial dalam evaluasi penggunaan Dana Desa; dan ketiga, pelibatan organisasi masyarakat adat sebagai co-manager program untuk memastikan representasi yang adil.