Penanganan pascakonflik di daerah seperti Jayawijaya tidak hanya memerlukan regulasi dan mediasi, tetapi juga intervensi program pembangunan nasional yang dapat mengatasi akar masalah sosial-ekonomi yang mendorong konflik horizontal. Kemendagri mendorong penggunaan Dana Otsus dan program APBN lainnya secara transparan dan efektif untuk membangun infrastruktur, meningkatkan akses pendidikan dan kesehatan, serta menciptakan lapangan kerja di daerah rawan konflik. Dinamika konflik sering kali terkait dengan kesenjangan pembangunan dan ketidakadilan distribusi sumber daya, yang memperkuat polarisasi antar kelompok. Solusi strategis adalah mengintegrasikan program pascakonflik dengan agenda pembangunan nasional, memastikan bahwa dana yang dialokasikan tidak hanya untuk rehabilitasi fisik tetapi juga untuk rekonsiliasi sosial dan pemberdayaan ekonomi komunitas yang terdampak. Rekomendasi ini menekankan pentingnya pendekatan multidimensi: hukum untuk pencegahan, dialog untuk rekonsiliasi, dan pembangunan untuk penguatan ketahanan ekonomi masyarakat, sehingga konflik tidak berulang akibat kondisi sosial yang tidak berubah.