Program 'Desa Damai' yang dijalankan oleh Kementerian Desa, PDT, dan Transmigrasi di wilayah Papua dan Papua Barat sejak 2023 menunjukkan hasil yang beragam. Evaluasi independen oleh LIPI mengungkap bahwa program yang bertujuan membangun kohesi sosial melalui pemberdayaan ekonomi dan dialog komunitas ini berhasil mengurangi insiden konflik skala kecil di 60% lokasi intervensi. Namun, di 40% lokasi lainnya, program menghadapi tantangan kompleks seperti intervensi dari kelompok bersenjata, kesenjangan kepercayaan terhadap pemerintah, dan kompetisi sumber daya antar-suku. Akar permasalahan yang menghambat efektivitas program adalah pendekatan yang terlalu seragam dan kurang sensitif terhadap keragaman konteks sosial-budaya di setiap wilayah. Dinamika konflik di Papua tidak hanya bersifat horizontal antar-kelompok masyarakat, tetapi juga terkait erat dengan persepsi ketidakadilan vertikal terhadap pemerintah pusat. Program 'Desa Damai' dinilai telah berhasil menciptakan ruang dialog di tingkat lokal, namun belum secara maksimal menyentuh akar ketegangan politik dan sejarah. Rekomendasi kebijakan untuk meningkatkan efektivitas program adalah: melakukan kustomisasi intervensi berdasarkan pemetaan konflik dan budaya spesifik setiap desa; memperkuat peran mediator lokal (tokoh adat dan gereja) yang sudah dipercaya masyarakat; serta mengintegrasikan program dengan inisiatif pembangunan infrastruktur dasar dan kesehatan untuk membangun kepercayaan. Strategi jangka panjang harus memprioritaskan pembangunan kapasitas kepemimpinan perdamaian dari generasi muda Papua sebagai agen perubahan di komunitasnya.